Marco Peresani è professore associato presso il Dipartimento di Studi Umanistici dell'Università di Ferrara, dove svolge la propria docenza nei corsi di Laurea Triennale in Lettere, Arti e Archeologia, di Laurea Magistrale in Quaternario, Preistoria e Antropologia e di Dottorato in Scienze Umane.
Peresani è titolare dei corsi di Ecologia Preistorica e di Culture e Cronologie del Paleolitico. Incentra la propria attività di ricerca sullo studio del popolamento antropico dell'Italia settentrionale nel Paleolitico medio, superiore e nel Mesolitico in un'ottica multidisciplinare attivando collaborazioni su progetti con università e centri di ricerca nazionali e internazionali. Le problematiche di maggiore interesse riguardano l'adattamento dell'Uomo di Neanderthal, la sua estinzione e il suo comportamento rituale, la comparsa dei primi uomini Anatomicamente Moderni e la colonizzazione delle Alpi durante il Tardoglaciale e il Postglaciale da parte degli ultimi cacciatori-raccoglitori.
Dal 1993 coordina prospezioni e scavi archeologici e ricerche in Veneto, Friuli-Venezia Giulia, Emilia-Romagna, Marche e Liguria, in alcuni tra i siti più rilevanti in Europa, come la Grotta di Fumane e in altre grotte come San Bernardino, De Nadale, Landro e Riparo del Broion. È membro del Comitato Editoriale di Riviste Nazionali e internazionali e membro del Consiglio di Presidenza dell'Associazione Italiana Quaternario. Ha pubblicato libri e manuali, editato atti di convegni nazionali e internazionali e oltre trecento articoli su riviste nazionali e internazionali e partecipato a centinaia di convegni nazionali e internazionali.