In zoologia e in botanica si usa la nomenclatura binomia, introdotta dal naturalista svedese Linneo (1707-1778). Ogni specie viene cioè indicata con due nomi latini: il primo, relativo al genere, è di solito un sostantivo e si scrive con iniziale maiuscola; il secondo, che indica la specie, può essere sostantivo o, più spesso, un aggettivo e si scrive con iniziale minuscola (a meno che non si tratti di un nome proprio). Per esempio: Equus caballus, Canis lupus, Viola arenaria. A volte l'aggettivo è composto da due parole, che sono unite da un trattino. Segue, abbreviato, il nome del primo autore che ha descritto la specie: Rana temporaria L. (Linneo). Le sottospecie si indicano con nomenclatura trinomia: Rana esculenta marmorata.
I criteri. Se una specie è indicata con vari nomi prevale quello che è stato dato da chi l'ha pubblicato per primo, gli altri si considerano sinonimi. A volte invece prevale quello più corretto scientificamente.
Per le piante, si parte dal 1753, per gli animali dalla decima edizione del Systema naturae di Linneo del 1758-59. Le principali categorie della classificazione zoologica sono in ordine discendente: Regnum animale (regno); Subregnum (sottoregno); Phylum (tipo); Classis (classe); Ordo (ordine); Familia (famiglia); Genus (genere); Species (specie) a cui possono aggiungersi sottotipi, sottoclassi, sottordini...
Per esempio: la specie Canis lupus appartiene al genere Canis, famiglia Canidae, ordine Carnivori, classe Mammiferi, tipo Cordati, sottoregno Metazoi, regno Animale. I gruppi botanici sono: Regnum vegetabile, Divisio (divisione), Subdivisio (sottodivisione), Classis, Ordo; Familia; Tribus (tribù); Genus; Sectio (sezione); Species; Varietas, Forma, Individuum.