Alcuni formaggi famosi, come il camembert o il gorgonzola, non avrebbero il loro aroma caratteristico se non fossero coperti da muffe di vari colori. Si tratta di funghi, la maggior parte dei quali appartiene al genere Penicillium. I funghi utilizzano grassi, proteine, vitamine e minerali contenuti nel formaggio come fonte alimentare: hanno un metabolismo molto simile a quello degli organismi animali, dunque utilizzano lo stesso nutrimento. Non tutte le muffe però conferiscono un buon sapore al formaggio. Quelle utilizzate dai produttori infatti derivano da un lungo lavoro di selezione. Lo conferma anche il fatto che un formaggio non confezionato, lasciato in frigorifero, viene colonizzato ben presto da muffe, ma generalmente peggiora. Gli organismi che vivono sugli alimenti sono molti e tra essi ci sono anche muffe che, come l’Aspergillus flavus, producono sostanze tossiche. Per questo motivo è sempre consigliabile eliminare le parti invase.