Salute

Coronavirus e serbatoi animali: che cosa sappiamo?

Le informazioni - incomplete - che si possono trarre dai virus affini al coronavirus SARS-CoV-2 scoperti in pipistrelli, pangolini e altri animali.

I coronavirus sono virus a RNA che causano malattie in mammiferi e uccelli. I pipistrelli sono importanti ospiti naturali di due generi di coronavirus, gli alphacoronavirus e i betacoronavirus: a questo secondo genere appartengono il SARS-CoV-2 (quello della covid) e i suoi affini SARS-CoV e MERS-CoV, all'origine di SARS e MERS, e i coronavirus OC43 e HKU1 che causano comuni raffreddori.
 
Nell'ultimo anno ci sono state molte ricerche sull'origine animale del virus della covid. Una revisione completa di tutto quello che abbiamo imparato sul patogeno e sulla malattia fa un po' di chiarezza, per quanto possibile, sull'albero genealogico del virus.

Nei pipistrelli. Il parente più prossimo del SARS-CoV-2 analizzato finora è il betacoronavirus RaTG13 isolato nei pipistrelli ferro di cavallo (Rhinolophus affinis), nella provincia dello Yunnan, in Cina. Il genoma del patogeno scoperto nel 2013 è per il 96,2% identico a quello del coronavirus della covid. L'alta somiglianza genetica tra SARS-CoV-2 e RaTG13 supporta l'ipotesi che il virus della CoViD-19 abbia avuto origine nei pipistrelli. Un'elevata affinità genetica con il nuovo coronavirus è stata scoperta anche, più recentemente, nel coronavirus RmYN02, isolato in un pipistrello della specie Rhinolophus malayanus, sempre nello Yunnan. Questo virus è per il 93,3% identico al SARS-CoV-2 nel genoma.

Analisi filogenetiche, cioè che ricostruiscono lo sviluppo evolutivo degli organismi (in questo caso dei virus), hanno inoltre dimostrato che altri due coronavirus dei pipistrelli rintracciati in precedenza nella specie Rhinolophus pusillus in Cina orientale, i virus ZC45 e ZXC21, fanno parte del sottogenere Sarbecovirus, lo stesso sottogruppo di betacoronavirus a cui appartiene il SARS-CoV-2.
 
Tutte queste scoperte indicano nei pipistrelli una possibile riserva animale del nuovo coronavirus. Ma c'è un problema: quelle percentuali apparentemente piccole di differenza genetica corrispondono a oltre 20 anni di scarto evolutivo (cioè oltre 20 anni di mutazioni genetiche). Questi coronavirus trovati nei pipistrelli sono quindi i più probabili precursori del SARS-CoV-2, ma non i suoi progenitori diretti.

Nei pangolini. Diversi coronavirus imparentati con il SARS-CoV-2 sono stati individuati anche in vari esemplari di pangolini malesi contrabbandati dal Sudest asiatico alla Cina meridionale e sequestrati nelle dogane dal 2017 al 2019. Si tratta sempre di Sarbecovirus appartenenti a due diversi sottolignaggi.
 
Uno di questi, intercettato in una dogana della provincia cinese di Guangdong, ha una sequenza genetica per il 92,4% identica a quella del SARS-CoV-2, ma ha soprattutto un dominio legante il recettore (receptor-binding domain, RBD), ossia una parte della proteina spike che si lega ai nostri recettori cellulari, altamente simile al patogeno della covid: la differenza è di un singolo amminoacido.


 
I virus dei pangolini del secondo sottolignaggio sono stati isolati nella provincia cinese di Guangxi e hanno una sequenza "soltanto" per l'85,5% identica al SARS-CoV-2.

Ma a differenza dei pipistrelli, che convivono pacificamente con questi patogeni, i pangolini, come noi, si ammalano. I tessuti dei pangolini infetti mostrano i segni della polmonite interstiziale e di infiammazioni in vari organi: difficilmente, quindi, potranno essere serbatoi naturali dei coronavirus, cioè specie in cui i virus abitualmente circolano. Più probabilmente li hanno acquisiti dopo un salto di specie, e dunque sono possibili ospiti dei patogeni, come l'uomo.

Ma sono ospiti intermedi? Se lo fossero dovrebbero ospitare un virus per oltre il 99% identico dal punto di vista genetico al SARS-CoV-2: è stato così per gli ospiti intermedi di SARS-CoV e MERS-CoV, le civette delle palme e i dromedari, rispettivamente. Al contrario, i coronavirus dei pangolini non mostrano più del 92% di somiglianza con il SARS-CoV-2. Dalle informazioni che abbiamo, quindi, non c'è alcuna prova che i pangolini siano stati direttamente coinvolti nell'emergere della CoViD-19.

Domande aperte. Non sappiamo ancora se il SARS-CoV-2 sia arrivato all'uomo attraverso un ospite intermedio, né quale. La scoperta di molti patogeni simili ci dice che in natura circolano diversi coronavirus simili al SARS-CoV-2, potenzialmente pericolosi per l'uomo. Non è del tutto da escludersi infine l'eventualità che il SARS-CoV-2 abbia avuto origine da una ricombinazione tra RNA virale di diversi Sarbecovirus parenti, ossia la fusione di "pezzi" di RNA di origine diversa all'interno di uno stesso organismo infettato due volte (contagiato, per esempio, da un coronavirus dei pipistrelli e uno dei pangolini contemporaneamente).
 
Un'altra pista da indagare è quella degli animali da allevamento e da laboratorio, come i visoni e i furetti, nei quali il SARS-CoV-2 si replica efficacemente (mentre non lo fa in polli, maiali, cani, anatre).

25 marzo 2021 Elisabetta Intini
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