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Coronavirus COVID-19: cosa c'è da sapere Vai allo speciale

Come si ricostruisce l'albero genealogico del coronavirus

Eseguita a Milano l'analisi filogenetica dei primi 3 genomi completi del coronavirus in Lombardia: che cosa significa, e che cosa si è scoperto.

Coronavirus: analisi filogenetica
Dal profilo genetico dei campioni di coronavirus si può provare a risalire alla storia della sua diffusione. | Shutterstock

Un gruppo di scienziati dell'Università Statale e dell'Ospedale Sacco di Milano ha identificato i primi tre genomi completi del nuovo coronavirus, il SARS-CoV-2 (all'origine dell'epidemia di CoViD-19), isolati da pazienti contagiati in Lombardia. Attraverso analisi genetiche il team ha cioè ricostruito la "collocazione familiare" del virus, ricavando informazioni importanti sulle origini del patogeno e sui tempi della sua diffusione in Nord Italia.

 

Le analisi sono state coordinate da Gianguglielmo Zehender, Claudia Balotta e Massimo Galli, che avevano in precedenza portato a termine l'isolamento di tre ceppi di nuovo coronavirus circolanti nell'area di Codogno (Lodi). Abbiamo raggiunto telefonicamente Zehender, Professore di Igiene e Salute Pubblica presso il Dipartimento di Scienze biomediche e cliniche "Luigi Sacco" della Statale, per farci spiegare meglio l'importanza di questo lavoro.

Affinità e parentele. «L'analisi filogenetica - spiega Zehender - è lo studio sulla comparazione dei genomi dei virus isolati, le cui sequenze sono state depositate in banche dati pubblicamente accessibili. Per l'epidemia in corso, abbiamo a disposizione campioni che vanno dai virus cinesi di metà-fine dicembre fino al 3 marzo 2020 (ma forse anche oltre). Noi abbiamo caratterizzato i ceppi e i genomi di virus isolati in Lombardia e abbiamo ricostruito la loro sequenza genetica. A quel punto, abbiamo comparato queste sequenze con tutte le altre sequenze disponibili.»

 

Queste informazioni hanno permesso di evidenziare alcune somiglianze dei coronavirus "nostrani" con altri circolati nel mondo. «È emerso che i virus che stanno circolando in Lombardia sono simili, cioè dello stesso gruppo, ad altri virus isolati in Europa, in particolare in Germania e Finlandia, e in Paesi dell'America centrale e meridionale. Sono inoltre molto simili (stesso ceppo) all'altra sequenza italiana ottenuta nell'area del Lodigiano e depositata dall'Istituto Superiore di Sanità.»

Origine confermata. Le analisi hanno confermato la provenienza cinese del virus. «Sulla base della somiglianza degli acidi nucleici (il genoma del virione, l'unità fondamentale del virus, ndr) abbiamo cercato di capire dove il SARS-CoV-2 è presente e quando è entrato: immaginando i risultati delle analisi filogenetiche come un albero, le sequenze di genomi dei virus cinesi stanno alla base, sono le radici: ma questo non ci stupisce, è un fatto ben documentato.» Per la cronistoria della diffusione della malattia occorrono ulteriori analisi, ma la stima preliminare sull'ingresso dei coronavirus nel grappolo (cluster) italiano corrisponde a un periodo che precede di diverse settimane il primo caso evidenziato in Italia, il 21 febbraio.

 

In evoluzione. Lo studio documenta inoltre la capacità del nuovo coronavirus di mutare nel tempo. «I dati preliminari che abbiamo, che riguardano per il momento solo le tre sequenze analizzate, ci dicono che questo è un virus capace di mutare abbastanza intensamente (abilità comune, per i virus a RNA). Le tre sequenze che abbiamo sono infatti abbastanza diverse tra loro.» La collaborazione internazionale è fondamentale, per acquisire il maggior numero di informazioni possibile: «Ovviamente più sequenze avremo a disposizione, più dati potremo ricavare. Pochi risultati non bastano per giungere a conclusioni. Analisi di questo tipo sono mezzi importanti per studiare le infezioni emergenti, ed è necessario affiancarle alle più tradizionali misure di sorveglianza.»

 

5 marzo 2020 | Elisabetta Intini