Salute

La firma batterica di una città è scritta sotto le scarpe dei suoi abitanti

Ogni città ha un suo microbioma caratteristico: una firma batterica e virale precisa, individuabile analizzando (per esempio) la suola delle scarpe dei suoi cittadini.

Dalle foreste pluviali alla giungla urbana: una collaborazione internazionale di scienziati ha messo insieme, con uno sforzo durato tre anni e distribuito tra 900 ricercatori in sei continenti, un atlante globale dei microrganismi che popolano le metropolitane e altri mezzi pubblici di 60 città in tutto il mondo.

Dal lavoro appena pubblicato su Cell, che risale a prima che gel disinfettanti e mascherine sterilizzassero buona parte di ciò che tocchiamo, emerge che ogni città ha un microbioma (ossia il genoma dell'insieme di microrganismi che la abitano) molto ben riconoscibile, e che nelle aree urbane proliferano quasi 11.000 specie di virus e batteri finora sconosciute, componenti innocue di un ecosistema di cui anche noi facciamo parte.

Tamponi nell'era pre-covid. Christopher Mason, genetista della Cornell University di New York, ha chiesto ai colleghi del consorzio MetaSUB (Metagenomics & Metadesign of Subways & Urban Biomes) di raccogliere campioni di materiale genetico dalle superfici di tornelli, corrimano, macchine per i biglietti, panchine e vagoni delle metropolitane di 60 città, incluse Londra, New York, Tokyo, Rio de Janeiro, Shanghai, Hong Kong, Sacramento, Sydney. Nelle città sprovviste di linee suburbane, la raccolta è avvenuta su autobus e treni. Tra il 2015 e il 2017 sono stati ottenuti 4.728 tamponi ambientali sotto gli sguardi perplessi dei passeggeri.

non c'è ragione di preoccuparsi. Le analisi genetiche hanno rivelato la presenza di 4.246 specie di microrganismi noti, due terzi dei quali batteri, oltre a 10.928 specie di virus e 748 di batteri mai documentati in alcun database scientifico. «Corrimano e panchine delle nostre città ospitano talvolta una maggiore diversità di una foresta pluviale», dice Mason. Quasi tutti i virus trovati sono batteriofagi, cioè virus che infettano batteri e che non pongono rischi per la salute umana. Da altri si potrebbero forse ricavare composti da usare come farmaci; nella maggior parte dei casi, si tratta di microrganismi non patogeni, con i quali siamo in contatto costante.

Pelle, suolo e oceani. Le città più grandi hanno un microbiota più complesso e variegato, ma indipendentemente dalle dimensioni, ogni chilometro di distanza tra due campioni è associato in media allo 0,056% di diversità tra i microrganismi trovati. In questo marasma di vita invisibile i ricercatori hanno trovato 31 diverse specie di batteri presenti praticamente in ogni luogo di ogni città, quello che hanno chiamato il "nucleo del microbioma urbano". Metà di questi batteri vive normalmente sulla pelle umana, perché presente nel sebo o nel sudore, altri sono batteri del suolo; ma ci sono anche specie inaspettate come il Modestobacter marinus, un batterio oceanico.

Dimmi cosa calpesti e ti dirò dove abiti. Se si esclude questo "zoccolo duro" presente in tutte le aree urbane, tra una città e l'altra si riconosce una grande diversità batterica e virale, in parte dovuta alla posizione geografica: i microbiomi delle città vicine tendono a somigliarsi, mentre quelle delle città di Europa e Nord America sono molto diversi da quelli delle metropoli del Sudest asiatico. Comunque, il potpourri di codici genetici di virus e batteri di ogni città è così caratteristico, che analizzandolo si riesce a risalire al centro urbano in questione con un'accuratezza dell'88%. «Datemi una scarpa e sequenziando (i batteri della suola) potrei probabilmente dirvi da dove arrivate nel mondo», scherza, neanche più di tanto, Mason.

Utili sviluppi. Il team ha riscontrato inoltre una presenza abbondante di geni legati all'antibiotico-resistenza nel microbioma di ogni città: un dato non necessariamente preoccupante - i microrganismi usano composti antimicrobici naturali per combattere le specie rivali - ma che in futuro potrebbe essere sfruttato per monitorare la diffusione di superbatteri nelle diverse aree e informare chi si occupa di politiche di salute pubblica.

13 giugno 2021 Elisabetta Intini
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