Vi sono due possibili spiegazioni. La prima sostiene che sia un modo di dire, originario della Lombardia, che deriva dall’uso antico di molti fruttivendoli di vendere i limoni a due a due. Da qui l’abitudine di indicare come “limoni” le giovani coppie e, per estensione, del verbo “limonare” al posto di baciare.
La Treccani riporta un'etimologia simile: "Voce di origine settentrionale, forse allusiva al movimento della mano nello spremere un limone".
La seconda, invece, richiama il movimento rotatorio necessario per spremere manualmente l’agrume, a sua volta collegato alle lingue degli innamorati che si muovono nel “bacio alla francese” (come viene definito in ambito anglosassone).
Letteratura. Il termine è usato anche in letteratura: «limonai anche con una sarta qui dirimpetto» scriveva Carlo Emilio Gadda nel Giornale di guerra e di prigionia.