I primi bonsai furono coltivati nel VI secolo dopo Cristo dai popoli nomadi di origine mongola che dominavano la Cina: facevano crescere piante medicinali nei vasi per poterli trasportare nelle migrazioni. La pratica di miniaturizzare gli alberi è probabilmente più antica: un bonsai è stato trovato in una tomba risalente a tremila anni fa.
La coltivazione dei bonsai come vera e propria arte fu sviluppata, attorno al 700, dai monaci buddisti cinesi, che applicavano ai mini-alberi i principi della loro filosofia: l’uomo doveva ridurre alla sua capacità di visione ciò che lo circonda, miniaturizzando non solo l’albero, ma anche il paesaggio su cui cresce. Altre scuole invece vedevano nei tronchi contorti e nati su una pietra la nascita della vita nonostante le avversità. Tronchi e rami potevano anche essere piegati per creare ideogrammi o numeri magici. Nel 1200 i monaci buddisti portarono l’usanza in Giappone. Qui gli alberi in miniatura presero il nome di bonsai (che significa “in un vaso piatto”). All’inizio del 1800 sorsero le prime scuole di “arte bonsai” che codificarono stili, regole e misure. I grandi maestri provenivano da famiglie come i Kato, i Murata, i Nakamura.
I primi esemplari di bonsai arrivarono in Europa alla fine del secolo scorso come curiosità esotiche, presentate alle esposizioni universali.